ディーラーに修理依頼を行うと、中間マージンが上乗せされて高くなっている？
正確には少々異なりますので、詳細は以下に説明させて頂きますが、
直接、板金塗装専門の工場に修理依頼を行う（中間マージンを省く）事によって安くなる！ことに間違いはありません。
「中間マージン」というものについて
正確に表現すると
業者間での取引においては「仕入れ価格」や「卸価格」があり、消費者に提示する「定価」というものが存在するのはご存知だと思います。
自動車の修理においては、消費者の立場としてお客様がディーラーへ修理依頼を行います。その上で、ディーラーと修理業者での業者間取引が発生しますので、ディーラーはお客様と修理業者の間を取り持つ「中間業者」に該当します。
中間業者であるディーラーにとっては「仕入れ価格・卸価格」と「定価」の差額が利益となりますので、修理料金に対して中間マージン分が上乗せされていると言う様な事はありませんが、その差額（中間利益）に関して分かりやすく表現するために「中間マージン」という言葉が一般的に使用されています。
「定価」の定義については自動車修理における料金の内訳をご参照ください。
ディーラーでの板金塗装、修理について
ディーラーというのは基本的には新車の販売が専門になります。
もちろん、アフターサービスとして整備や事故修理に関する作業依頼を一手に引き受けてはいますが、こと事故修理や板金塗装に関しては、そのほとんどが一般の町工場への外注作業になります。
自社修理工場（内製工場）での修理も行ってはいますが、各拠点に数件と非常に数が少なく、すべての顧客をまかないきれないため、一般の町工場へ外注作業に頼っているのが実情です。
例え、ディーラーの自社修理工場（内製工場）であっても
各販売店の店舗と、各拠点に構える板金修理工場として、互いに独立した業務内容、採算制度で業務を行っていますので、仕事や料金の流れとしては一般の町工場への外注作業と同じ流れになります。
基本的には、設立資本は同じ（同系列）でも、全くの別会社と考えて頂いても差し支えはないと思います。
「中間マージン」上乗せはなくても、省くことは可能なんです。
簡単な話です。古い街には「問屋街」ってありますよね？
小売店ではなく、卸問屋で物を買えば安くなりますよね？
つまりは、そういう事です。（笑）
ディーラーとの業者間取引による「仕入れ・卸価格」でも最低限の利益は確保できている訳ですから、お客様に対して同様に「定価」をディスカウントしても何ら問題はないんです。
ディーラー（小売店、中間業者）経由ではなく直接、板金塗装専門の工場（卸問屋、製造メーカー）に修理依頼を行う事によって、品質や仕上がり、その他、お客様にとってデメリットとなるような事は一切なく、安心、安価な作業が選択できるという訳です。